El área de Biotecnología realiza una tarea de investigación y de formación de científicos a nivel de Posgrado, en los campos de biología molecular, bioquímica, biofísica, microbiología, química de alimentos y toxicología.

La gran mayoría de sus proyectos tienen apoyo del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología o del mismo Instituto Politécnico Nacional. Otros proyectos tienen un financiamiento sustancial por parte de empresas interesadas en la problemática tratada. Por lo general, los proyectos están encaminados a resolver problemáticas que se presentan en nuestro entorno social y comercial, como son la detección y evaluación de la contaminación química de diferentes ambientes y métodos de su remediación, la evaluación del efecto de los contaminantes nocivos sobre el estado de salud de la población local, el desarrollo de procedimientos para realzar y asegurar la calidad de los insumos alimenticios del consumidor, el desarrollo de diagnósticos moleculares para la detección de organismos infecciosos y la optimización de procesos enzimáticos con potencial para aplicaciones bioindustriales. El tema unificador de esta línea es la aplicación y el desarrollo de métodos biológicos, bioquímicos y químicos modernos para abordar problemas actuales.